Ce qui suit dévoile des moments clés de l'intrigue.
Durant la deuxième partie, Naruto va constamment chercher Sasuke et finira finalement par le revoir en compagnie de Sakura, Sai et Yamato. Malheureusement, Sasuke n'a plus rien à voir avec son compagnon d'autrefois et il se montre froid et avoue à Naruto qu'il ne l'a pas tué dans le passé uniquement par caprice et que cette fois-ci, il le tuera également par caprice. Sasuke déploie alors une vitesse incroyable et dégaine son épée pour attaquer Naruto. La fin de cette confrontation finira par la fuite de Sasuke avec Orochimaru. Il a laissé en vie ses anciens compagnons pour qu'ils continuent d'oeuvrer contre l'Akatsuki.
En revenant à Konoha, Naruto va rendre visite à Kakashi qui est à l'hôpital. Il lui raconte sa confrontation face à Sasuke. Kakashi décide alors de lui faire un entraînement spécial afin qu'il devienne rapidement plus puissant que lui-même. En fait, Naruto apprend que grâce au multiclonage, il peut gagner en puissance en un rien de temps. En fait, plus il a de clones à entraîner, plus il gagne en puissance une fois qu'il les fait disparaître. Si Naruto subit cette entraînement, c'est pour faire une orbe tourbillonnante ultime, car le Quatrième Hokage lui-même n'avait pu finir de le mettre au point. Et pour le mettre au point, il doit changer la nature de l'attaque en son propre Jutsu. Naruto est prédisposé aux Jutsus (techniques/arts) du vent. Il doit donc changer la nature de l'Orbe Tourbillonnante en vent. Il propose à Tsunade de créer une nouvelle équipe afin de retrouver Itachi Uchiwa et par la même occasion Sasuke. Sasuke ayant échappé de justesse à la mort : Naruto, Kiba, Hinata, Sai, Kakashi, Sakura, Shino ainsi que Yamato partent à la recherche de Uchiwa Itachi. Nous retrouvons la Team Hebi au complet, dans une auberge, là où Sasuke se repose, Karin partit faire des bricoles et elle sentit une grande quantité de chakra s'approcher à grande vitesse, on peut penser à Naruto et sa compagnie, puisqu'elle dit : " La quantité de chakra est énorme...". Elle repartit à l'auberge, et fit part de cette information à Sasuke, qui semblait triste. Sasuke se réveilla en quelques minutes, et on apprit par la suite, qu'il avait pris le pouvoir du serpent blanc, une sorte de régénération comme Kyuubi, bien qu'elle soit moins efficace. Karin eut l'idée de couper différents tissus d'un des vêtements de Sasuke, et à l'aide de Juugo, les attacher sur les oiseaux, de façon que l'odeur parte de tout les côtés. Kiba sentit une perturbation, et il commença à perdre l'odeur de Sasuke, et expliqua cela à Naruto, on peut voir que Naruto se montre intelligent sur ce coup-là encore, il fit apparaître plusieurs clones, et les clones partirent aux hasard dans des endroits quelconques, mais pas tout les clones...un clone tomba sur Uchiwa Itachi. Lors de cette confrontation, Itachi affirme à Naruto qu'il veut juste lui parler, Naruto réanalyse toutes les situations où il s'est battu avec Itachi, et a bien joué sur ce coup-ci, mais Itachi emploie des corbeaux possédant chacun un Sharingan, un Genjutsu de haut niveau, il est donc normal que Naruto tombe là dedans, en revanche, Itachi lui même affirme à Naruto en disant : "Tu sembles avoir saisi la façon de se battre contre un utilisateur du Sharingan".. et lors de cette attaque, Naruto crie : "POURQUOI ?! C'est moi que tu dois affronter !"
Le chapitre 367 (paru en Aout 2007) nous révèle l'identité de la mère de Naruto, Kushina Uzumaki. Jiraya un des trois Sannin (ou "Ninjas légendaires" dans la version française), l'a décrit comme une "pipelette rousse et garçon manqué", et Tsunade, le cinquième Hokage, souligne sa beauté et sa ressemblance avec son fils, par ses jutsus et par son comportement. Ce chapitre souligne aussi la ressemblance entre Naruto et Minato Namikaze, le 4ème hokage, les mettant sur un plan père/fils, sans jamais explicitement affirmer ce lien de parenté. On apprend dans le chapitre 370 que Yondaime est bel et bien son père et qu'il lui a cédé 4 sceaux de lumière à Naruto et que les sceaux de l'ombre s'ouvre avec l'aide d'une clé et d'un parchemin. Dans le chapitre 382, on apprend que c'est Jiraya qui a donné le prénom Naruto car il a crée une histoire sur un héros qui sauve le monde, le héros s'appelant Naruto, dans le chapitre 382, Jiraya, dans un état proche de la mort ( celui-ci arrive a se faire revivre en repensant au Nindô de Naruto... ) affirme que " L'enfant de la prophétie" n'est autre que Naruto... notre jeune Uzumaki risque de faire encore une énorme montée en puissance.